Năm 479, Tiêu Đạo Thành đoạt ngôi từ Thuận Đế, chấm dứt triều Lưu Tống và mở ra triều Nam Tề. Tiêu Trách được phong làm thái tử, và trong một hành động chưa từng có tiền lệ, Tiêu Trưởng Mậu được phong làm Nam quận vương. (Trước đó, tại Nam triều, không có con trai nào của một thái tử được phong vương.) Năm 480, ông được triệu hồi về Kiến Khang để trấn thủ Thạch Đầu thành. Khi Bùi thái tử phi qua đời trong năm đó, theo đề xuất của thừa tướng Vương Kiệm (王儉), Tiêu Trưởng Mậu bị ngăn không được thực hiện đầy đủ các nghi lễ trong tang lễ của mẹ do tầm quan trọng của chức vụ mà ông đang nắm giữ, song vị trí trấn thủ của ông đã được chuyển từ Thạch Đầu về vùng ngoại vi Tây Châu (西州). Năm 482, ông được ban chức thứ sử Nam Từ Châu (南徐州, nay là phía tây trung bộ Giang Tô). Sau khi Cao Đế qua đời vào năm 482, Tiêu Trách đã lên ngôi kế vị (tức Vũ Đế), Tiêu Trưởng Mậu được phong làm thái tử. Vương phi Vương Bảo Minh được phong làm thái tử phi, và con trai cả Tiêu Chiêu Nghiệp của ông được phong làm Nam quận vương.